Na gruncie prawa cywilnego oraz prawa podatkowego (dotyczy to zarówno VAT, jak i podatku dochodowego, ale również podatku od nieruchomości) w sposób odmienny traktowane są „grunty zabudowane”.

W prawie cywilnym, w przypadku gdy mamy do czynienia z gruntem, na którym posadowione są budynki czy też budowle, mamy do czynienia z jedną rzeczą – „gruntem zabudowanym”. Zgodnie z przepisami art. 46–48 k.c. nieruchomościami są części powierzchni ziemskiej stanowiące odrębny przedmiot własności (grunty), jak również budynki trwale z gruntem związane lub części takich budynków, jeżeli na mocy przepisów szczególnych stanowią odrębny od gruntu przedmiot własności. Część składowa rzeczy nie może być odrębnym przedmiotem własności i innych praw rzeczowych. Z zastrzeżeniem wyjątków w ustawie przewidzianych, do części składowych gruntu należą w szczególności budynki i inne urządzenia trwale z gruntem związane, jak również drzewa i inne rośliny od chwili zasadzenia lub zasiania. Zazwyczaj naniesienia znajdujące się na gruncie są własnością właściciela gruntu (wyjąwszy przypadki wyjątkowe, np. urządzeń sieciowych). Powoduje to, że w przypadku nieruchomości zabudowanej mamy do czynienia z jedną rzeczą jako przedmiotem obrotu cywilnoprawnego (tą rzeczą jest nieruchomość, czyli grunt wraz z naniesieniami mającymi status części składowych).

Inaczej sytuacja wygląda na gruncie podatkowym.

Należy zatem zauważyć, że odrębnym środkami trwałymi są grunty oraz budynki lub budowle się na nim znajdujące. Jedna rzecz prawa cywilnego stanowić może zatem kilka środków trwałych.

Nieruchomości są przedmiotem obrotu jako rzeczy. Ich własność najczęściej przechodzi w drodze umowy sprzedaży.

Przedmiotem umowy sprzedaży są rzeczy. Strony powinny określać cenę w odniesieniu do poszczególnych rzeczy. Nie muszą określać ceny (czy też raczej – nawet nie powinny określać ceny) w odniesieniu do poszczególnych obiektów (części składowych jednej rzeczy).

W przypadku środków trwałych nabytych w drodze kupna istotnie ich wartością początkową jest ich cena nabycia. Przez cenę nabycia (w myśl stosownych definicji) rozumie się kwotę należną zbywcy, powiększoną o koszty związane z zakupem naliczone do dnia przekazania środka trwałego lub wartości niematerialnej i prawnej do używania, a w szczególności o koszty transportu, załadunku i wyładunku, ubezpieczenia w drodze, montażu, instalacji i uruchomienia programów oraz systemów komputerowych, opłat notarialnych, skarbowych i innych, odsetek, prowizji, oraz pomniejszoną o podatek od towarów i usług, z wyjątkiem przypadków, gdy zgodnie z odrębnymi przepisami podatek od towarów i usług nie stanowi podatku naliczonego albo podatnikowi nie przysługuje obniżenie kwoty należnego podatku o podatek naliczony albo zwrot różnicy podatku w rozumieniu ustawy o podatku od towarów i usług.

Jeśli cena wskazana w akcie notarialnym – dokumentującym nabycie gruntu zabudowanego – jest ceną za całość rzeczy (czyli za całą nieruchomość zabudowaną), to wówczas należy rozdzielić cenę nabycia z aktu notarialnego na poszczególne składniki majątku, tak aby móc określić ich wartość początkową. Ma to szczególnie istotne znaczenie, choćby w kontekście faktu, że sam grunt nie podlega amortyzacji.

Nie do zaakceptowania jest interpretacja, że wówczas nie można ustalić w ogóle wartości początkowej środków trwałych, w związku z czym nie można w ogóle amortyzować budynków, czy też budowli znajdujących się na gruncie.

Można w takich sytuacjach próbować podpisać ze zbywcą aneks do umowy sprzedaży, w którym rozpisana zostałaby wartość poszczególnych składników majątkowych składających się na łączną cenę nabycia zabudowanego gruntu.

Jeśli nie uda się tego zrobić (bądź zostanie to uznane za bezcelowe – choćby z uwagi na koszty notarialne), to wówczas jedyną drogą jest dokonanie wyceny poszczególnych składników majątku, a w zasadzie nie tyle dokonanie wyceny (oszacowanie wartości), co rozdzielenie łącznej ceny nabycia pomiędzy poszczególne składniki majątkowe, tj. grunt i budynek.

Takiego rozdzielenia wartości nie trzeba koniecznie robić za pomocą biegłego (rzeczoznawcy majątkowego). Można to zrobić we własnym zakresie, jednakże z uwzględnieniem zasad zdrowego rozsądku (tak aby rozdzielona wartość odpowiadała wartości poszczególnych obiektów). Należałoby zatem określić wartość rynkową gruntu i poszczególnych budynków. Na tej podstawie można będzie zbudować proporcję udziałów poszczególnych obiektów w całości. Następnie znając tę proporcję wartości poszczególnych obiektów do ceny ogółem, należałoby stosownie do tej proporcji rozdzielić na poszczególne obiekty cenę nabycia.