Zasada ta, pojawiła się w formie postulatu orzeczniczego w pracach Zbigniewa Kmieciaka, a jej zwrócenie na nią uwagi przez szerszy krąg odbiorców zawdzięczamy aktywności Bogumiła Brzezińskiego i Włodzimierza Nykiela. Kilka dekad temu uważało się, że wszelkie wątpliwości należałoby rozstrzygać na korzyść podatnika, gdyż skoro żyjemy w demokratycznym Państwie prawa to elementem właśnie takiego stanu rzeczy nie może być osiąganie korzyści dla budżetu kosztem słabszej strony „procedur” podatkowych w wątpliwych, nie do końca wyjaśnionych, sytuacjach. Zasada ta obejmowała, tak się przynajmniej wydawało, zarówno wątpliwości co do treści przepisów prawa jak i wątpliwości w zakresie stanu faktycznego.

Dopiero w 2016 r. do ustawy Ordynacja podatkowa wprowadzony został art. 2a, w którym ustawodawca określił, iż jedynie niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego rozstrzyga się na korzyść podatnika.

Obecnie więc nie podważa się już istnienia zasady rozstrzygania na korzyść podatnika, sporny jednak jest zakres prawa przyznanego podatnikom i związany z tym zakres obowiązków organów stosujących prawo. Co bowiem z wątpliwościami co do stanu faktycznego?

Nie może podlegać dyskusji, że aktualnie ochrona jaką ustawodawca przyznaje podatnikom nie jest jednolicie silna, albowiem sporej wielkości wyrwę tworzą normy zawarte w ustawie Prawo przedsiębiorców. Ustawodawca postanowił, że gdy przedmiotem postępowania przed organem jest nałożenie na przedsiębiorcę obowiązku bądź ograniczenie lub odebranie uprawnienia, a w tym zakresie pozostają niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego, organ rozstrzyga je na korzyść przedsiębiorcy.

Trzeba zauważyć, że ochrony takiej nie przyznaje się podatnikom, którzy nie są przedsiębiorcami. Domniemanie nie działa także gdy

1)w postępowaniu uczestniczą podmioty o spornych interesach lub wynik postępowania ma bezpośredni wpływ na interesy osób trzecich;

2)odrębne przepisy wymagają od przedsiębiorcy wykazania określonych faktów;

3) wymaga tego ważny interes publiczny, w tym istotne interesy państwa, a w szczególności jego bezpieczeństwa, obronności lub porządku publicznego.

Przyznanie przez ustawodawcę silniejszej ochrony przedsiębiorcom, w ocenie piszącego te słowa, stanowi ewidentne naruszenie konstytucyjnej zasady równości wobec prawa i przybiera formę dyskryminacji, która dotyka podatników niebędących przedsiębiorcami. Nie każdy zatem może liczyć, że gdy organ podatkowy nie będzie mógł wyjaśnić wątpliwości (w zakresie ustalenia stanu faktycznego) to nie wyciągnie ze swej niewiedzy negatywnych skutków wobec podatnika.

Tu zaznaczyć należy, że słusznie wskazuje NSA, iż gdy to działania podatnika prowadzą do sytuacji, gdy pozostają niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego to ochrona nie przysługuje (por. Wyrok NSA z 7.10.2020 r., I GSK 1969/19, LEX nr 3094549.)