Podmioty powiązane, które są obowiązane do sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych lub grupowej dokumentacji cen transferowych, przedkładają, na żądanie organów podatkowych, tę dokumentację, w terminie 14 dni od dnia doręczenia tego żądania. Oczywiście organy podatkowe nie mogą żądać od podatnika dokumentacji cen transferowych przed upływem terminów przewidzianych dla podatników na przygotowanie danego rodzaju dokumentacji cen transferowych.

O ile bezsporne jest, że organy podatkowe mogą zażądać przedstawienia dokumentacji cen transferowych zarówno w ramach postępowania podatkowego, jak i kontroli podatkowej, o tyle istnieje wątpliwość, czy organy są uprawnione do żądania przedłożenia oraz badania dokumentacji cen transferowych w ramach czynności sprawdzających.

Zakres czynności sprawdzających  zakreślony  w  art.  272  o.p.  jest  stosunkowo  wąski, obejmuje on:

• sprawdzenie terminowości: składania deklaracji lub wpłacania podatków, w tym również pobieranych przez płatników oraz inkasentów;
• stwierdzenie formalnej poprawności dokumentów wymienionych w pkt 1;
• ustalenie stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami;
• weryfikację poniesionych przez podatnika wydatków i uzyskanych przychodów (dochodów) opodatkowanych lub przychodów (dochodów) nieopodatkowanych – w zakresie niezbędnym do ujawnienia podstawy opodatkowania z tytułu przychodów nieznajdujących pokrycia w ujawnionych źródłach lub pochodzących ze źródeł nieujawnionych;
• weryfikację danych i dokumentów przedstawionych przez podatników dokonujących rejestracji podatkowej;
• weryfikację danych i dokumentów przedstawionych przez podmioty dokonujące zgłoszenia rejestracyjnego zgodnie z art. 16 ustawy z dnia 6 grudnia 2008 r. o podatku akcyzowym oraz zgłoszenia rejestracyjnego uproszczonego zgodnie z art. 16b tej ustawy;
• sprawdzenie spełnienia warunków uprawniających do opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek oraz rzetelności i terminowości składania oświadczenia podatnikowi przez jej udziałowca albo akcjonariusza, o których mowa w rozdziale 6b ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych.

Istnieje powszechna zgoda praktyków, że co do zasady w trakcie czynności sprawdzających nie dokonuje się merytorycznej weryfikacji poprawności rozliczeń podatkowych. Czynności sprawdzające służą raczej weryfikacji formalnej, a nie merytorycznej.

Pojawia się pytanie czy dokumentacja cen transferowych mieści się w definicji deklaracji w rozumieniu Ordynacji podatkowej. Ordynacja podatkowa w art. 3 pkt 5 wprawdzie zawiera sformułowanie „deklaracja”, jednakże nie jest to definicja legalna, lecz zbiorcze pojęcie obejmujące wszelkie dokumenty składane przez wymienione w tym przepisie osoby, obejmujące ich oświadczenia w takich płaszczyznach, które decydują o powstaniu zobowiązania podatkowego. Wydaje się, że dokumentacja cen transferowych zawiera się w zakresie pojęcia deklaracji i takie też jest dominujące stanowisko w literaturze.

W tym kontekście wydaje się, że organy podatkowe miałyby w ramach czynności sprawdzających prawo badać dokumentację cen transferowych, ale tylko pod kątem formalnym (zawartości wszystkich elementów wymaganych przez ustawę oraz przepisy wykonawcze) bez prawa do weryfikacji merytorycznej samej dokumentacji z punktu widzenia poprawności rozliczeń transakcji kontrolowanej.

Można również pokusić się o sformułowanie twardszego stanowiska, mianowicie braku możliwości zażądania przez organy dokumentacji w trybie czynności sprawdzających. Taki pogląd jest reprezentowany jest w literaturze przez K. Radzikowskiego, który uważa, że zakres celów czynność sprawdzających jest celowo określony wąsko, w przypadku deklaracji ma weryfikować terminowość oraz formalną poprawność deklaracji wraz z niezbędnymi ustaleniami stanu faktycznego. Przy czym chodzi tutaj o deklaracje konkretyzujące wysokość podatku do zapłaty. W przypadku dokumentacji cen transferowych podatnik nigdzie jej nie składa sam z siebie, zatem badanie „terminowości składania” jest bezprzedmiotowe. Wyklucza to podjęcie czynności sprawdzających w celu weryfikacji obowiązku dokumentacyjnego, gdyby zaś rozpatrywać taką weryfikację w toku czynności sprawdzających podjętych dla zbadania terminowości złożenia i formalnej poprawności „zasadniczej” deklaracji dotyczącej kwoty podatku do zapłaty, to kroki te wykroczyłyby poza ramy tego trybu, wymagałoby to bowiem oceny merytorycznej (por. K. Radzikowski, Proceduralne aspekty dokumentacji cen transferowych po zmianach w 2017 r. , PP 2017, nr 12, s. 36-45).

Podsumowując, istnieją silne argumenty za przyjęciem stanowiska, że organy nie są uprawnione do żądania dokumentacji cen transferowych w ramach czynności sprawdzających.