Obserwujemy systematyczne poszerzanie się kręgu podatników zainteresowanych wdrożeniem ulgi B+R, w tym również wśród przedsiębiorców, którzy korzystają także z innych preferencji podatkowych. Wielu z nich rozważa możliwość kumulowania ulgi B+R z innymi formami wsparcia.

Rozważmy – czy podmioty, które prowadzą działalność na terenie Specjalnej Strefy Ekonomicznej bądź Polskiej Strefy Inwestycji na podstawie zezwolenia lub decyzji o wsparciu, mają taką możliwość – i na ile jest ona wyłącznie teoretyczna? 

Ewolucja regulacji prawnych 

Do końca 2017 roku podatnicy prowadzący działalność na terenie SSE byli całkowicie pozbawieni możliwości korzystania z ulgi B+R. Ówczesny art. 18d ust. 6 ustawy o CIT stanowił jednoznacznie – prawo do odliczenia nie przysługiwało podatnikowi, jeżeli w roku podatkowym prowadził on działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia. 

Sytuacja uległa zmianie od 1 stycznia 2018 r., kiedy to, na mocy ustawy z 9 listopada 2017 r. o zmianie niektórych ustaw w celu poprawy otoczenia prawnego działalności innowacyjnej, weszło w życie nowe brzmienie ww. przepisu. Umożliwiono podatnikowi, który w roku podatkowym prowadził działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, prawo do odliczenia kosztów w ramach ulgi B+R – dotyczy to jednak wyłącznie kosztów kwalifikowanych, które nie są przez podatnika uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku na podstawie zezwolenia. W późniejszym okresie (30 czerwca 2018 r.) w przepisie uwzględniono także podobną zasadę w stosunku do dochodów zwolnionych od podatku na podstawie decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie o wspieraniu nowych inwestycji. Od tamtej pory brzmienie przepisu nie uległo zmianie.  

Teoretycznie więc podatnik, korzystający ze zwolnienia strefowego/decyzji o wsparciu, powinien mieć możliwość skorzystania z ulgi B+R we wskazanym zakresie. Co na to praktyka organów podatkowych?  

Wyodrębnienie kosztów kwalifikowanych – sztuczne? Teoretyczne? 

Mimo teoretycznej możliwości łączenia obu preferencji od 2018 r., praktyczne zastosowanie tych przepisów napotyka na poważne trudności interpretacyjne. Organy podatkowe przyjmują restrykcyjne podejście do rozumienia przesłanki „nieuwzględniania kosztów w kalkulacji dochodu zwolnionego”. 

Przykładem takiego stanowiska jest interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 29 maja 2018 r. (sygn. 0111-KDIB1-1.4010.82.2018.1.SG). Organ odmówił wnioskodawcy prowadzącemu działalność na terenie SSE prawa do skorzystania z ulgi B+R, nawet w sytuacji prowadzenia dwóch odrębnych kalkulacji dla kosztów ulgi B+R i zwolnienia strefowego. Zdaniem organu podatkowego, takie wyodrębnienie miałoby charakter „sztuczny”. Tożsame stanowisko zostało zaprezentowane w interpretacji indywidualnej z 2 lipca 2018 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.228.2018.1.MST. 

Nieco inaczej sytuacja może wyglądać w przypadku podatników, którzy prowadzą także działalność częściowo poza SSE. W interpretacji indywidualnej z14 grudnia 2018 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.595.2018.1.PC), wydanej na wniosek podatnika prowadzącego działalność zarówno na terenie SSE, jak i poza terenem SSE (dochód z niej podlegał opodatkowaniu na zasadach ogólnych), który dodatkowo otrzymał dofinansowanie z NCBiR, podkreślono, iż podatnik korzystający częściowo ze zwolnienia na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT „winien prowadzić księgi rachunkowe w taki sposób, aby możliwe było precyzyjne rozdzielenie kosztów uzyskania przychodów do działalności opodatkowanej i nieopodatkowanej”. Powyższe przyporządkowanie powinno nastąpić na podstawie właściwie sporządzonych dokumentów i prowadzonych ksiąg podatkowych. Finalnie organ uznał, że w zakresie, w jakim wydatki poniesione na działalność badawczo-rozwojową (spełniające warunki o których mowa w art. 18d ust. 2-3 ustawy o CIT) nie zostały zaliczone do kosztów działalności strefowej oraz nie zostały pokryte dotacją z NCBiR, a stanowią koszty uzyskania przychodów, Spółka ma prawo odliczenia ich od podstawy opodatkowania jako kosztów kwalifikowanych i skorzystania w tym zakresie z ulgi B+R. 

Praktyczne możliwości łączenia ulgi B+R ze zwolnieniami strefowymi 

Skomplikowane? To prawda, ale nie niemożliwe. Na szczęście istnieją także inne rozwiązania umożliwiające skorzystanie z obu preferencji.  

1. Lokalizacja działalności B+R poza obszarem objętym zezwoleniem/decyzją o wsparciu

Najbardziej oczywistym rozwiązaniem jest prowadzenie działalności badawczo-rozwojowej poza terenem objętym zezwoleniem strefowym lub decyzją o wsparciu. Należy jednak pamiętać, że nawet w takim przypadku, jeżeli prace B+R dotyczą produktów wytwarzanych lub usług świadczonych w ramach działalności „zwolnionej”, wyodrębnienie kosztów może zostać uznane za sztuczne (jak w przykładzie powyżej) –  w takim przypadku warto zastanowić się nad wnioskiem o interpretacją indywidualną, zawierającym rzetelny opis stanu faktycznego.  

2. Korzystanie z ulgi B+R przed rozpoczęciem korzystania ze zwolnienia podatkowego

Nowelizacja przepisów strefowych, która weszła w życie 1 stycznia 2023 r., stworzyła interesującą możliwość dla podatników. Zgodnie z nowymi regulacjami, moment rozpoczęcia korzystania ze zwolnienia od podatku dochodowego został przesunięty do czasu zakończenia inwestycji objętej decyzją o wsparciu (podkreślenia wymaga, iż chodzi o formalny termin zakończenia inwestycji określony w ww. decyzji, a nie o rzeczywiste jej zakończenie – zob. rozporządzenie RM z 27 grudnia 2022 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej niektórym przedsiębiorcom na realizację nowych inwestycji, Dz.U. z 2025 r., poz. 108). W konsekwencji, do tego momentu podatnicy mogą korzystać z ulgi B+R. Potwierdza to interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z dnia 12 lipca 2023 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.302.2023.1.JKU) – organ potwierdził, że podatnik nabywa prawo do korzystania ze zwolnienia z podatku CIT dopiero po terminie zakończenia nowej inwestycji wskazanym w decyzji o wsparciu, co umożliwia mu korzystanie z ulgi B+R do tego momentu. 

3. Korzystanie z ulgi B+R po wyczerpaniu limitu zwolnienia strefowego

Alternatywnym rozwiązaniem jest rozpoczęcie korzystania z ulgi B+R po wyczerpaniu dostępnego limitu zwolnienia strefowego, nawet jeśli zezwolenie lub decyzja o wsparciu pozostają w mocy. Na takim stanowisku stanął Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 9 września 2021 r., sygn. II FSK 724/21 – w uzasadnieniu wskazano, iż „kierując się dyrektywą określoną w art. 2a o.p. [rozstrzyganie niedających się usunąć wątpliwości na korzyść podatnika – przyp. PSz] należy przyjąć, że art. 18d ust. 6 ustawy o CIT uprawnia podatników korzystających ze zwolnienia ustanowionego w art. 17 ust. 1 pkt 34 ust. o CIT do skorzystania z ulgi na działalność badawczo rozwojową w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych związanych z przychodami z działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej, które zostały poniesione w roku podatkowym po dacie osiągnięcia przez podatnika wskazanego w art. 17 ust. 1 pkt 34 ust. o CIT limitu dochodu zwolnionego z podatku”. 

Kiedy teoria spotyka się z praktyką 

Zgodnie z treścią uzasadnienia projektu ustawy z 9 listopada 2017 r. o zmianie niektórych ustaw w celu poprawy otoczenia prawnego działalności innowacyjnej, „dotychczas podatnicy, którzy prowadzili choćby niewielką część działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, nie mogli korzystać z ulgi B+R. (…) Wychodząc naprzeciw tym postulatom, proponuje się, aby prawo do ulgi (odliczenia kosztów) przysługiwało w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych, które nie stanowią kosztów prowadzenia działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej. (…) Rozwiązania te mają zachęcić przedsiębiorców do inwestowania w działalność B+R oraz wykazywania nakładów ponoszonych na innowacje”. 

Można by uznać, że to wzniosłe uzasadnienie umożliwienia korzystania z ulgi B+R dla przedsiębiorców prowadzących działalność w ramach SSE/PSI stoi w sprzeczności z restrykcyjnym podejściem organów podatkowych, widocznym w niektórych interpretacjach. Niemniej jednak, należy pamiętać, że ta furtka wciąż pozostaje otwarta – ale rozliczenie ulgi B+R w takim przypadku może być bardziej czasochłonne i wymagać nadzwyczaj szczegółowego przygotowania.  Istotne jest prowadzenie odpowiedniej dokumentacji i ewidencji księgowej w sposób umożliwiający precyzyjne przyporządkowanie kosztów do działalności opodatkowanej i zwolnionej. Rekomendowane może być także wystąpienie z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej, co wymaga jednak rzetelnego przedstawienia stanu faktycznego przedsiębiorcy w jego treści. Korzyści mogą być tego warte.

Prowadzisz działalność w ramach SSE/PSI i zastanawiasz się, czy przysługuje Ci możliwość skorzystania z ulgi B+R? A może dopiero rozważasz łączenie ze sobą poszczególnych preferencji podatkowych i potrzebujesz instrukcji, w jaki sposób się do tego przygotować? Skontaktuj się z nami – pomożemy. Wystarczy, że wypełnisz formularz kontaktowy  TUTAJ, a my zajmiemy się resztą.